Il film racconta di Chiron, bambino afroamericano di Miami, e segue le dinamiche della sua vita attraverso tre tappe fondamentali. Chiron, soprannominato ‘Piccolo’, vive con la madre tossicodipendente Paula (Naomi Harris) ed è preso di mira dai suoi coetanei. Mentre fugge da un gruppo di bulli, il bambino incontra lo spacciatore Juan (Mahershala Ali). L’uomo decide di prendersi cura di Chiron e, con il benestare della fidanzata Teresa (Janelle Monáe), lo accoglie come un figlio. Juan gli permetterà di conoscere un clima familiare stabile e basato sul reciproco affetto, trasmettendogli la passione per il mare. Gli anni passano, Juan muore e Teresa continua a prendersi cura di Chiron. La madre del ragazzo, infatti, non riesce a far a meno delle droghe. Afflitta dagli attacchi di astinenza, Paula arriva a sottrarre del denaro al figlio. I bulli, intanto, continuano a perseguitarlo e, scampato ad una aggressione, Chiron si rifugia sulla spiaggia per meditare. Qui, è sorpreso dall’incontro con l’amico Kevin che stravolgerà la sua esistenza, permettendogli di conoscere la sua sessualità. La vana speranza di aver trovato un alleato svanisce ben presto. Per non venire escluso dal gruppo, Kevin asseconda il teppista Terrel e partecipa al pestaggio di Chiron. Stanco delle continue angherie, il ragazzo compie un gesto inaspettato al prezzo della sua libertà.