La nuova puntata di Alcatraz segna una svolta nelle indagini della squadra dell’FBI, sulla scomparsa di tutti gli inquilini della prigione, nel 1963.

Dopo un consolidato schema narrativo, gli sceneggiatori fanno tornare indietro non un detenuto, ma una guardia. Guy Hastings (Jim Parrack) viene riportato indietro in un anno che non è il suo, crede di aver perso tutta la famiglia in un incidente (stessa bugia che era stata detta alla moglie e alla figlia per giustificare la sua sparizione), l’unico motivo per il quale sembra essere tornato indietro è assolvere un compito affidatogli dalle persone che lo avevano rapito: trovare Tommy Madsen (David Hoflin).

Guy Hastings è anche l’uomo che ha addestrato Ray Archer (Robert Forster), tutore di Rebecca, durante il suo servizio presso la prigione ed è proprio a lui che si rivolge per mettersi sulle tracce di Madsen.

I flashback fanno luce sui veri rapporti fra il detenuto e l’ex guardia: i due, infatti, non si sono conosciuti durante la permanenza ad Alcatraz, il loro incontro risale a molti anni prima. Hastings è molto interessato alla figura di Tommy Madsen e minaccia duramente Archer per farsi portare da lui.

Rebecca e il resto della squdra, avvisati della sparizione di Ray, si mettono sulle sue tracce, non prima di aver ricostruito le vicende del passato di Tommy e Ray per comprendere dove lui e Hastings possano essere. Durante la ricostruzione all’indietro, il Dr. Soto e Rebecca comprendono che Ray non è un amico d’infanzia, ma il fratello minore di Tommy che, per vegliare sul primogenito in prigione, ha cambiato cognome per farsi assumere ad Alcatraz.

Scoperto il particolare, la squadra ha gioco facile nello scoprire dove fosse la casa d’infanzia dei ragazzi e arrivare in tempo per salvare Ray da Hastings.

Alla fine, Rebecca affronta Hauser e gli fa notare come lei sia molto più importante per lui di quanto non credesse, essendo l’unico legame vivente con Tommy Madsen, disposto a collabrare, soprattutto dopo che il nonno si è rivelato essere un elemento così importante dell’intricato puzzle.

In chiusura, Tommy va al bar di Ray e, dal dialogo, si capisce come vi siano stati contatti fra i due successivamente al ritorno del primo, ma Ray gli intima di stare lontano da lui e da Rebecca perchè le persone che lo circondano finiscono sempre con l’essere danneggiati dalla sua presenza (Tommy era arrivato ad Alcatraz in seguito all’accusa di aver ucciso la moglie, omicidio che Ray aveva, nel corso degli anni, creduto sempre più palusibile).