Il film racconta di una donna che un giorno, nei pressi di Kensington, a Londra, abbandona un neonato davanti alle porte di un orfanotrofio, lasciandogli solo un ciondolo a forma di flauto e una lettera. Per dodici anni, il bambino di nome Peter (Levi Miller) non vede altro che le mura scure del suo orfanotrofio, fino al giorno in cui, nel bel mezzo dei bombardamenti, non viene rapito dalla nave pirata di Barbanera (Hugh Jackman) e trasportato, all’interno della prigione fatata della nave, fino all’Isola che non c’è. Nella prigione di Barbanera, Peter crea una sorprendente coalizione con un giovane pirata, James Uncino, e il suo buffo scagnozzo, Spugna. I tre insieme riescono a evadere e a fuggire dalla nave, purtroppo però, non rimangono liberi per molto. Presto, infatti, vengono catturati dagli indigeni dell’isola e dalla giovane Giglio Tigrato (Rooney Mara). Tra tutti i segreti che l’isola ancora nasconde, Peter riuscirà a capire chi è davvero e perché si trovi lì?