A seguito della morte della madre, Mary Katherine ‘MK’ si trasferisce nella casa del padre, Professor Bomba (voce originale Jason Sudeikis), immersa nel verde di un rigoglioso bosco. Bomba confida a MK la sua teoria su un mondo parallelo a quello umano, abitato da esseri di dimensioni ridotte che si muovono con una velocità accelerata. La ragazza non sopporta le strampalate ipotesi del suo stralunato padre e decide di lasciare la casa di Bomba. La sua fuga, tuttavia, è interrotta dalla scomparsa del cane Oise che si addentra nel bosco. Quando MK segue il buffo cagnolino per ricondurlo a casa, accade qualcosa di straordinario. Nel sottobosco, infatti, i leali Leafman e i malvagi Boggan si sfidano per contendersi la supremazia del territorio. Il crudele clan vuole impedire alla regina Tara (voce originale Beyoncé Knowles) di scegliere il suo successore, così da distruggere l’intero bosco e governare sulle rovine del regno. Mentre Ronin (voce originale Colin Farrell), capo dei Leafman, convince il ribelle Nod (Josh Hutcherson) ad aiutare la sua squadra, Tara cade vittima dell’agguato dei Boggan.