La nuova puntata di Alcatraz chiarisce le orgini di alcune liason solo accennate nel corso degli episodi precedenti e, ora, confermate. In un flashback del 1960 assistiamo al primo incontro fra Hauser e Lucy mentre il primo, semplice agente di polizia all’epoca, scorta il nuovo detenuto Patty Paxton (James Pizzinato) preso la prigione sull’isola.
Nel presente, il centro di San Francisco è terrorizzato dalla comparsa di mine antiuomo, risalenti alla guerra in Corea, mimetizzate nei giardini e nei parchi pubblici della città. È l’opera proprio di Paxton, tornato al presente per riprendere la sua attività di dinamitardo. Hauser sembra molto colpito da questo caso e la ragione è subito svelata. Negli anni Sessanta era stata proprio Lucy a mettere alle strette Paxton per farsi rivelare dove fossero gli ordigni esplosivi. La psichiatra, infatti, sottrae il nuovo detenuto ai brutali interrogatori del Dr. Beauregard, per convincerlo, con metodi più persuasivi, a parlare. Paxton intona una nenia che, grazie all’aiuto di Tommy Madsen, si riesce a decifrare come una filastrocca usata in Corea, in cui determinate parole identificano i diversi luoghi in cui sono posizionate le mine.
Nel presente, Hauser, a conoscenza della filastrocca, riesce ad anticipare le mosse di Paxton, invia Rebeccaa e il Dr. Soto in uno dei possibili obbiettivi del detenuto, mentre decide di avviarsi in un altro luogo dove coglie il dinamitardo sul fatto. Prima di riuscire a catturarlo, l’agente si ritrova bloccato su una mina ed è impossibilitato a compiere qualsiasi mossa; d’altro canto, le intuizioni di Hauser erano state corrette e Paxton si presenta sul luogo sorvegliato da Rebecca e Soto i quali riescono a catturare il criminale e a scoprire dove si trova il capo.
Giunta in suo soccorso, rebecca chiama la squadra artificieri e affida a Matt Tanner (Mehcad Brooks), suo amico e collega, l’incarico di disattivare la carica esplosiva; la situazione è più complessa del previsto e Tanner chiede a Paxton il modo per disattivarla senza correre rischi, quest’ultimo, deridendolo, gli confida che i fili formano un loop e non è possibile disattivare la carica senza farla esplodere. Tanner non si fida e crede che sia solo un modo per mettersi in mostra; facendo pressione sul pulsante che attiva la mina, permette ad Hauser di allontanarsi mentre si districa fra i fili. Nel momento di esultanza, la carica esplode uccidendo il ragazzo sul colpo; Hauser affronta Paxton sul luogo, lo accusa di aver ucciso un brav’uomo innocente, in un raptus di rabbia gli spara e poi lo deride, dicendogli che tutte le cariche che aveva piazzato negli anni Cinquanta sono state rimosse; incredulo, il criminale rivela anche l’ultimo luogo in cui aveva nascosto l’ordigno, quello che neanche Lucy era riuscita a decifrare dalla filastrocca.
Ritornando indietro negli anni Sessanta, s’intravede l’inizio della relazione fra Lucy e l’agente dell’FBI, quando la dottoressa incita un giovane e impacciato Hauser a invitarla fuori a cena.
Nel 2012, l’agente dell’FBI stanco che le cure contemporaneee non aiutino minimamente la donna che ama a ritornare dal coma, la preleva dall’ospedale e la consegna nelle mani del Dr. Beauregard.