Il film racconta di Tris (Shailene Woodley) ha usato le sue abilità da Divergente per aprire il misteriosa scatola, lasciata in eredità dagli antenati. Jeanine (Kate Winslet) non poteva prevedere che le scioccanti rivelazioni sulla società delle Fazioni avrebbero causato il caos e la sua morte. Stando alle parole del videomessaggio, la città e tutti i suoi abitanti si rivelano essere frutto di un esperimento atto a riportare la razza umana alla purezza originale. Dopo anni di guerre e sperimentazioni genetiche, infatti, la Terra è diventata inospitale e i superstiti sono costretti a vivere in piccolo centri d’élite, sognando di poter ristabilire ordine e pace sul pianeta. Tris e Quattro (Theo James) sono finalmente liberi di varcare la cinta muraria della città.

I due Divergenti raggiungono il Dipartimento di Sanità Genetica. Qui, Tris si allontana progressivamente dai suoi affetti e scopre la sofferenza di essere invidiata dall’amica Christina (Zoe Kravitz). La Divergente, infatti, potrebbe essere l’individuo perfetto che gli scienziati stanno ricercando da secoli e il resto del gruppo fa difficoltà ad accettarlo. Secondo il capo dell’enigmatica agenzia, David (Jeff Daniels) i suoi geni sono la chiave per un futuro migliore. La cieca fiducia che Tris ripone nello studioso scatena la gelosia di Quattro, che detesta l’atteggiamento della sua fidanzata. I timori dell’ex addestratore si riveleranno fondati, poiché la permanenza nel Dipartimento porterà a galla nuove e sconvolgenti verità sul passato di Tris. Mentre Evelyn (Naomi Watts) ha preso il controllo della città, Quattro progetta di unirsi a sua madre e Tris dovrà decidere per chi vale la pena lottare…