Per il timido Michele, protagonista di Il ragazzo invisibile: Seconda generazione, non è facile tornare alla vita normale dopo aver scoperto di avere doti “speciali”, di essere uno Speciale. Eppure, ormai sedicenne, Michele Silenzi (Ludovico Girardello) vive un’adolescenza turbolenta come molti dei suoi coetanei, non solo per i traumatici eventi del passato, ma per il carico delle relazioni che si fanno più complesse: con gli adulti, in particolare con la madre Giovanna (Valeria Golino), e con la ragazza dei suoi sogni, dolorosamente innamorata di un altro. Solo, infelice, arrabbiato col mondo, la vita di Michele prende una piega inaspettata quando vi irrompono improvvisamente la misteriosa gemella Natasha (Galatea Bellugi) e la madre naturale, Yelena (Kseniya Rappoport), due donne che stravolgeranno la sua esistenza, chiamandolo a una nuova avventura alla quale non potrà sottrarsi.